I början av 1982 tog Raino Kirkma initiativet att starta en gaykör som alternativt mötesplats för homosexuella män till fester och klubbar. Det avgörande för den tilltänkta kören blev att Anders Jonsson ställde upp som körens första dirigent. Onsdagen den 31 januari 1982 samlades 15 killar i ett klassrum i Storkyrkoskolan i Gamla Stan och startade det som sedan skulle utvecklas till Stockholms Gaykör. Under årens lopp har kören haft ett flertal dirigenter: Anders Jonsson (1982 – 1984), Folke Antonsson (1984 – 1987), Gerd Jacob (1987 – 1990), Lars Jergen Olson (1990 – 1998), Leif Lundberg (1999), Karol Vieker (1999 – 2007), Jacob Mølgaard Laustsen (hösten 2006 -2010), Jerry Adbo (höst 2010 - .

Stockholms Gaykör är nuförtiden en medlemsorganisation för den som vill fördjupa sina musikaliska kunskaper och utveckla sin förståelse för sin gayidentitet. Sen den stiftades har kören utvecklats från en blygsam start med 15 män som sjöng enstämmigt till en fullfjädrad manskör med drygt 60 sångare som framgångsrikt ger sig i kast med alla sorts verk för manskör. Kören är idag en mångkulturell förening med medlemmar från många olika delar av världen.

Gaykörens konserter har lockat en allt större publik. Körens julkonserterna som under drygt 20 år genomförs i samverkan med Kvinnokören Sapphonia har varit utsålda och sedan 2004 ges tre föreställningar. Den gemensamma julkonserten i Tyska Kyrkan 2004 spelades in av Sveriges Radio och återsändes ett flertal gånger, bl.a. en rikstäckande sändning på julafton.

Körens vårkonserter senaste åren har gästats av en rad artister, bland annat Mark Levengood, Petja Svensson och PomPeriPossaBand. Kören har i över 20 år deltagit i den ekumeniska ”Kärleksmässan” som i Storkyrkan avslutar Stockholms Pride. År 2006 upplevde kören en av sina höjdpunkter när kören tillsammans med After Dark framförde låten ”Kom ut” som detta års officiella pridelåt.

Stockholms Gaykör har under åren vunnit ett flertal priser: Rosa Rummets kulturpris,  Arco Nordica-priset från International Lesbian & Gay Cultural Network–Nordic,  2001; ”Best Musical Performance”, Antwerpen, 2001; och Lars Radings kulturpris, Stockholm, 2005.

I april 2006 åkte Stockholms Gaykör på en USA-turné med konserter i Honolulu, San Francisco och Fort Lauderdale. Detta var den senaste utlandsturnén: Köln (1985); Amsterdam (1986); Oslo (1987); Berlin (1988); London (1989); Oslo (1989); Hamburg (1991); Köpenhamn (1991); Frankfurt (1992); Tallinn (1995); Oslo (1996); Antwerpen (2001); Rotterdam (2003); Helsingfors (2005); USA (2006), Warszawa (2010).